Pero el cordobés recuperó el quiebre en el séptimo juego, al aprovechar un bajón de nivel del croata.
No obstante, Cilic mantuvo la cabeza fría, volvió a ser implacable con su saque y usufructuó su momento en el décimo juego cuando Nalbandian volvió a dudar con su saque y cometió tres errores no forzados.
El croata terminó el primer parcial con un 72 por ciento de efectividad con su primer servicio.
El segundo set arrancó con un nivel muy parejo de los dos tenistas, aunque Nalbandian mostraba una mayor solidez con su saque.
El momento del argentino llegó en el quinto juego cuando consiguió quebrarle el saque a Cilic para adelantarse 3-2.
Nalbandian levantó considerablemente su nivel, en especial con su saque, con el que ganó 13 de los 16 puntos que jugó con su primer servicio y todos los que disputó con su segundo saque (7 puntos).
Gran comienzo del argentino en el tercer parcial, que ya en el primer game le quebró el saque a Cilic, con todo lo que significa ante un jugador de tamaño servicio.
Nalbandian conservó su saque y casi que define el pleito cuando Cilic sacó 1-3 y 15-40 pero no pudo ganar el game.
No obstante, el argentino siguió sacando con enorme solvencia y así fue conservando la pequeña ventaja.
Gana 5-4 en el tercero.
Nalbandian, ubicado en el puesto 29 del ranking mundial de la ATP, se presentó en Basilea con un triunfo por 6-3 y 6-4 sobre el checo Jan Hajek (94).
Si el argentino supera al croata, se medirá en cuartos de final ante un rival que surgirá entre el estadounidense Andy Roddick (9) y el kazajo Andrey Golubev (36).
Nalbandian fue campeón en Basilea en 2002, mientras que el santafesino Guillermo Coria conquistó el torneo en la edición 2003.
El máximo favorito al título es Federer (2), quien nació en Basilea, mientras que el campeón defensor es el serbio Novak Djokovic (3).